自然保护区评价的主要目的在于，一方面，为新建的自然保护区选择地点及确定其分类性质和所属级别，寻找客观的根据和标准，比如通过评价判断其适合建立哪种类型的自然保护区；另一方面是加强对已建好自然保护区的监督与检查，提高建设质量和管理水平。
一般而言，对自然保护区的评价可从生态学、经济学和保护区本身有效管理水平来进行。
生态评价主要包括:
1.生物物种的评价。2.生物群落评价。3.生态系统和自然保护区的评价。
经济评价主要包括:1.水资源。多数保护区在涵养水源方面具有重要作用，包括直接用于饮水、灌溉、发电、发展渔业、工业和免受水旱灾害影响造成的损失与维护水利设施的作用。因此，可通过计算保护区内可能贮存多少水量和可利用数量评价其实际价值。2.物种及其基因资源。自然保护区是物种及其基因资源的宝库，有许多种类可能在食用、药用、工农业原料、遗传材料和美化环境等方面有着巨大的潜在作用。3.生态功能效益。表现在区域气候调节、水源涵养、水土保持、旅游资源等方面。4.科研、文化和教育。自然保护区大多是科研、教育和文化创作的基地。
保护区有效管理水平评价主要包括:1.管理条件的评价。2.管理措施的评价。3.科研基础评价。
