制药过程可分为原料药生产和制剂生产两大步骤。原料药生产过程用到的原辅材料众多，原料、中间体、溶剂多是易燃、易爆、有毒有害的物质，是一个高污染过程。制剂生产中的药物活性粉尘污染、噪声污染较严重。
制药车间最常见的呼吸危害是：普通原料粉尘、药物性粉尘、有害气体、有毒蒸气。制药过程中接触粉尘的工序有：反应釜装料，中途取样，粉碎，筛分等;制 药过程中接触毒气/有毒蒸气的工序有：反应釜装料，取样，从过滤器或离心分离机中卸载物料，往干燥器中装料，分装物料等。在对有限空间如槽罐、反应釜进行清洁时，还有可能面对缺氧环境。
此外，还可能面临某些生物学意义上的危害，比如从动物脏器中提取生化药可能会接触到病菌;酶粉尘沾到皮肤上，会造成皮肤损害;接触胰岛素可引起血糖降低等等。
药品生产过程中，作业人员接触有毒化学物质的机会主要是设备和管道密闭不严、锈蚀渗漏，上道工序来料、检验分析取样以及出料、废弃物料排出、清理离心 甩干机以及设备检修时设备及管道中残存的有毒化学物质，尤其是在离心过滤敞口甩干高温物料或边甩干边人工投加液态化学品以及敞口接收时，均有大量的有害气 体或蒸气逸出，同时会有液态化学品飞溅的可能。操作工人接触液态、蒸气态有毒物质的时间相对较长，如果通风排风系统不好，就可能造成工作场所空气中有害物 质浓度增高甚至超过国家卫生标准，工人长期接触会受到职业病危害因素的影响，也加大了职业病危害事故的风险。
某些制药设备运行时会产生巨大的机器噪声，比如一些电动机、水泵、离心机、粉碎机、制冷机、通风机、锅炉等，有的噪声甚至超过100dB;噪声危害严 重的区域通常是药片切割室、包装室等。作业人员长期接触这些超标噪声，如不对听力系统进行防护，危害会是多方面的，除了听觉系统受损外，还可能导致高血 压、头痛、失眠、记忆力下降，神经衰弱等症状。
制药工业也会接触很多眼部危害，最常见的眼部危害有：粉尘、化学液体、微生物、高温、冲击物等，制药车间眼部危害最容易发生在：反应釜附近和溶剂储藏区。
在制药车间中，操作人员通常都需要穿着连体式防护服，这一方面是由于制药车间对洁净度有一定要求，防止人员污染药品;另一方面也要对操作人员皮肤进行防护，防止药物活性粉尘粘附在皮肤上，防止液态化学品物料飞溅到皮肤上，通过皮肤或皮肤上的创口被吸收，对人员产生危害。最常见的液体化学品飞溅发生在设备清洗、维护、检修时，或物料离心甩干时，或投加液态化学品物料时。
